OIF v softvéri ESPResSo

We developed an extension of ESPResSo software package that is capable of simulating elastic objects immersed in a fluid. The detailed description of the package can be found in our Object-in-fuid User Guide. The initial geometry of each elastic object is defined in two files, the nodes.dat file, where the coordinates of the mesh points are given and triangles.dat file, where the triangular incidences are given. Below, you can find different types of objects, with different mesh densities.

simulation.tcl

boundaries_part.tcl

boundaries_fluid.tcl

 Sample scripts from Object-in-fluid User Guide  
spheres.zip The surface of a sphere is triangulated with different numbers of points. The triangulation is two dimensional, that means that it consists of triangles and each edge of the triangle is common exactly to two triangles.  
solid-balls.zip Three dimensional mesh consisting of tetrahedra covering the whole inside of a sphere. Here, an edge can be common to more than two triangles. With this type of a mesh, the elastic parameters kb and kv must not be set.  
rbcs.zip The surface of a red blood cell is triangulated with different numbers of points. The triangulation is two dimensional, that means that it consists of triangles and each edge of the triangle is common exactly to two triangles.  

Article on Object-in-fluid implementation:

An ESPResSo implementation of elastic objects immersed in a fluid

 

Articles regarding models in Object-in-fluid:

Energy contributions of different elastic moduli in mesh-based modeling of deformable objects

Scalability of forces in mesh-based models of elastic objects

Modelling and simulation of processes in microfluidic devices for biomedical applications

Recent advances in mesh-based modeling of individual cells in biological fluids

 

 

 

 

 

events&news

04.04. 2017
Nové PhD pozície

Od septembra 2016 otvárame tri nové doktorandské miesta. Záujemcovia o výskum v rámci našej výskumnej skupiny nájdu viac informácii tejto stránke.

11.01. 2017
Pozvánka na Workshop

Pozývame vás na 2nd Workshop on Modelling of Biological Cells, Fluid Flow and Microfluidics, ktorý sa bude konať 5-9. februára 2017 vo Vrátnej doline. Viac informácií tu

10.05. 2016
Publikovaný nový článok

Spoločne sme publikovali článok v časopise  Journal of Computational Science (2015 Impact Factor 1.231). Názov článku znie  Simulation study of rare cell trajectories and capture rate in periodic obstacle arrays. Gratulujeme autorom.

08.04. 2016
Nový článok

Nedávno sme publikovali nový článok v Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering,  (Impact Factor 1.770). Názov článku je Collision rates for rare cell capture in periodic obstacle arrays strongly depend on density of cell suspension. Článok je prístupný online na  stránke časopisu alebo v sekcii  publikácie

08.01. 2016
Nový článok

Nedávno sme publikovali nový článok v International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering (Impact Factor 2.052). Názov článku je  Non-uniform force allocation for area preservation in spring network models. Článok je prístupný online na  stránke časopisu alebo v sekcii  publikácie. Gratulujeme Ivete and Ivanovi.

04.09. 2015
Vítame nových kolegov

V septembri sa ku našej skupine pripojili dvaja noví doktorandi: Martin Slávik and Marek Kotus. Vitajte!

26.08. 2015
Dosiahnutý PhD titul

Gratulujeme Ivete k úspešnému obhájeniu PhD. Veľa šťastie (nielen) v ďaľšom výskume.

02.08. 2015
Konferencia v Edinburgu

V Júli sa Iveta a Martin B. zúčastnili konferencie Discrete Simulation of Fluid Dynamics (DSFD2015). Vo svojom príspevku prezentovali naše výsledky dosiahnuté pri analýze periodicky rozmiestnených prekážok.

15.10. 2014
ICNAAM

Naša skupina sa zúčastnila konferencie ICNAAM 2014. I.Cimrák zorganizoval sympózium s názvom Modelling of Biological Cells, Fluid Flow and Microfluidics. 

05.09. 2014
Vítame nových členov

Začiatkom septembra sa naša výskumná skupina rozrástla o dvoch nových členov, doktorandov Janu Kadlecovú a Martina Bušíka. Vitajte :-)

2010-2017 © Cell-in-fluid, KST ŽUŽ - Všetky práva vyhradené. All right reserved.